Zum weiteren ehrenamtlichen Engagement von Marlis Bredehorst zählen Bürgerinitiativen Anti-Atomkraft und für Frieden, Frauenpolitisches Engagement (Frauenhäuser, gegen Gewalt an Frauen, gegen berufliche Benachteiligung von Frauen), studentische und akademische Selbstverwaltung, Organisation von Frauenskireisen und Frauenmusikwochen sowie die Gründung des Frauenmusikzentrums Hamburg.
Seit 2015 ist sie im Presbyterium der Evangelischen Kirchengemeinde Köln und ist dort seit 2016 Finanzkirchmeisterin. Ein Bibelvers, der sie immer wieder in ihrem Engagement motiviert, ist „Gottes Kraft ist in den Schwachen mächtig“ (2. Korinther 12,9).
Marlis Bredehorst lebt in eingetragener Lebenspartnerschaft und hat mit ihrer Frau einen gemeinsamen Sohn und eine gemeinsame Tochter.
Marlis Bredehorst ist aus gesundheitlichen Gründen im Mai 2020 aus der Kirchenleitung ausgeschieden.
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